ختنه ی نوزاد دارای مزایا و معایب متعددی می باشد. از مزایای ختنه می توان به کاهش میزان عفونت، جلوگیری از سرطان آلت، کاهش میزان بیماری های مقاربتی و ایدز اشاره کرد.
از بین مزایای گفته شده مهمترین مورد، جلوگیری از عفونت ادراری می باشد، چرا که کلیه کودکان به عفونت خیلی حساس بوده و ممکن است اسکار بر روی آن به جای بماند و این اسکار عوارض زیادی از جمله فشارخون دارد.
در حقیقت میزان شیوع عفونت ادراری و باکتریمی (وجود باکتری در خون) به طور مشخص و حدود ۲۰ برابر در پسران ختنه نشده بالاتر است.
از سوی دیگر تنها سرطانی در دنیا که ١٠٠٪ قابل پیشگیری بوده سرطان آلت است که صرفا با ختنه نوزادی قابل پیشگیری است. فاکتوری که در بروز این سرطان دخالت دارد، پاپیلوما ویروس تیپ ١٦ و ١٨ است. این ویروس در آلت ختنه نشده خیلی بیشتر از آلت ختنه شده، دیده میشود.
در یهودی ها، سرطان ناحیه تناسلی مردان وجود ندارد و در مسلمانان نیز این سرطان بسیار نادر است، چرا که در هر دو دین، ختنه امری رایج است. در سمت مقابل در مسیحی ها و هندوها سرطان ناحیه تناسلی مردان، بسیار زیاد است و سومین سرطان شایع دستگاه تناسلی در مردان است.
با توجه به همین موضوع، اکادمی اطفال آمریکا ختنه را عملی مفید و دارای نتایج و مزایای متعدد از جمله کاهش میزان عفونت ادراری، جلوگیری از سرطان آلت و کاهش میزان بروز بیماری های مقاربتی و ایدز میداند.
از فواید دیگر ختنه نوزاد، ترمیم عالی نسج در این سن است و احتمال عفونت ختنه در این سن بسیار ناچیز است. لذا بهترین زمان برای ختنه در دوران نوزادی و همزمان با افتادن بند ناف نوزاد میباشد.