در ابتدای دستور این نماز گفته شده: هرگاه به درگاه خداوند مهربان حاجتی داشتی که از شدت آن سینهات تنگ شد، این نماز را بجای آور. شیخ عباس قمی رحمه الله در مفاتیح الجنان برای اقامه این نماز دو روش ذکر کرده است؛
روش اول خواندن نماز استغاثه به حضرت زهرا(س)
نیت دو رکعت نماز استغاثه کنید.
ابتدا دو رکعت نماز به کیفیت نماز صبح بخوانید.
پس از پایان نماز، سه مرتبه تکبیر «الله اکبر» بگو و سپس تسبیحات حضرت زهرا سلام الله را بخوانید: (سی و چهار مرتبه الله اکبر، سی و سه مرتبه الحمدلله، سی و سه مرتبه سبحان الله)
سپس به سجده می روی و صد بار می گویی: «یا مَوْلاتى یا فاطِمَهُ اَغیثینی»؛ اى سرپرستم اى فاطمه به فریادم برس.
سپس، جانب راست صورتت را بر زمین بگذار و همان ذکر را صد بار تکرار کن.
سپس جانب چپ صورتت را بر زمین بگذار و صد بار دیگر، همان ذکر را تکرار کن.
پس از آن، دوباره به سجده برو و اینبار صد و ده مرتبه، همان ذکر را بگو و حاجات خود را بیان کن، ان شاءالله که برآورده شود.
روش دوم کیفیت نماز استغاثه به حضرت زهرا(س)
شیخ طبرسی رحمه الله در کتاب ارزشمند مکارم الاخلاق، شیوه ی دیگری برای نماز استغاثه به حضرت زهرا سلام الله بیان کرده است که تفاوت اندکی با روش اول دارد:
نیت دو رکعت نماز استغاثه کنید.
ابتدا یک نماز دو رکعتی مانند نماز صبح میخوانید.
سپس سجده می کنی و صد بار می گویی: «یا فاطمه»
سپس جانب راست صورتت را بر زمین میگذاری و صد بار ذکر «یا فاطمه» را زمزمه میکنی.
پس از آن جانب چپ صورت خود را بر زمین میگذاری و دوباره صد بار «یا فاطمه» می گویی.
سپس دوباره به سجده میروی و این بار صد و ده مرتبه همان ذکر را زمزمه میکنی.
سپس این دعا را میخوانی: «یا آمِناً مِنْ کُلِّ شَیْى ءٍ وَ کُلُّ شَیْى ءٍ مِنْکَ خآئِفٌ حَذِرٌ اَسْئَلُکَ بِاَمْنِکَ مِنْ کُلِّ شَىْءٍ وَ خَوْفِ کُلِّ شَىْءٍ مِنْکَ اَنْ تُصَلِّىَ عَلى مُحَمَّدٍ [و آلِ محمدٍ] وَ اَنْ تُعْطِیَنى اَماناً لِنَفْسى وَ اَهْلى وَ مالى وَ وَلَدى حَتّى لا اَخافَ اَحَداً وَ لا اَحْذَرَ مِنْ شَىْءٍ اَبَدَاً اِنَّکَ عَلى کُلِّ شَیْى ءٍ قَدیرٌ.»
اى بىهراس و بیم از هرچیز، که همه چیز از تو هراسان و برحذر است، از تو میخواهم به حق ایمنىات از هرچیز، و هراس هرچیز از تو، اینکه بر محمّد صلی الله [و آل محمد] درود فرستى و ایمنى به من عطا کنى، براى خود و خاندان و دارایى و فرزندانم، تا از احدى نهراسم، و هرگز از چیزى حذر نکنم، به یقین که تو بر هرچیز توانایى
