هر دو کاملا باهم متفاوت هستند،
هم به لحاظ معنا متفاوت هستند،
هم به لحاظ نقش گرامری در جمله تفاوت دارند.
واژه ی Prefer، به معنای ترجیح دادن هستش و فعل یا همون verb، هستش.
مثلا :
My mom prefers pasta with roast beef.
در حالی که واژه ی rather، به معنای "نسبت به" یا "بیشتر" هستش و معمولا همراه با واژه ی than به کار میره و نقش قید رو ایفا میکنه.
مثلا:
He is kind rather than gentle.