نهضت عدالت خانه که جوهره مکتبی و اسلامی داشت، با برنامه ریزی استعمار انگلیس و فعالیت عوامل وابسته به آن از جمله اعضای سازمان مخفی فراموش خانه به انحراف کشیده شد. آنان با طرح عنوان مشروطه مقاصد خویش را دنبال نمودند.
مردمی که با فرمان علما و روحانیان به صحنه مبارزه کشانده شدند و افتخارشان تبعیت از آنان بود و اینان را تنها پناهگاه و یاور خود می دانستند، چنان مسحور فضای نیرنگ خانه انگلستان و تبلیغات آن شدند که بدون این که بفهمند مشروطیت چیست، خواهان مشروطیت شدند.
شیخ فضل اللّه که با بینش عمیق سیاسی خویش رویدادهای نهضت را تجزیه و تحلیل می کرد، با شنیدن خبر تحصن در سفارت انگلیس، به توطئه های روشن فکران وابسته و فراماسون ها پی برد و دریافت که خطر عظیمی نهضت را تهدید می کند.
اولین اعتراض به طرفداران مشروطه
روزی که عضدالملک برای اعلام موافقت شاه با تقاضای عدالت خواهان به قم آمده بود، شیخ فضل اللّه نوری به علما گفت: «تا حالا کارها خوب پیش رفته، امّا از این به بعد چه خواهید کرد؟ هدف شما چیست؟»
سید محمد طباطبایی در پاسخ گفت: مراد ما مشروطه است و مجلس شورای ملی، مشروطه چیزی است که برای پادشاه و وزیران حدّ و حدودی تعیین می کند که نتوانند هر طور خواستند با ملت رفتار کنند. مشروطه آزادی کامل برای ملت می آورد و برای همه کارهای دولتی و ملتی و شرعی، قانون و حدودی معین خواهد کرد.
شیخ در جواب گفت: «امّا فوائدی که برای مشروطه برشمردید و آن این که برای پادشاه و وزیران حدودی معین می شود، بسیار نیکو است، ولی این که فرمودید آزادی کامل برای ملت خواهد بود، این سخن از نظر اسلامی باطل و کفر است و آزادی کامل [به نحوی] که هر فرد برای هر کاری آزاد باشد، چنین آزادی در اسلام نیست و این که فرمودید قانونی وضع خواهد شد، اوّل این که قانون ما مسلمین در هزار و سیصد و اندی سال قبل وضع شده است و اگر هم برای تنظیم و اصلاح روابط اجتماعی و اداری قانونی نوشته شود، باید مطابق با شریعت اسلامی باشد و امّا این سخن که فرمودید برای شرع حدّی معین خواهد شد، بدانید که برای شرع و دین حدّی نیست».
تشکیل مجلس
مجلس تدوین قانون اساسی، بعد از صدور فرمان مشروطیت از سوی مظفرالدین شاه تشکیل شد. با توجه به ترکیب اعضای مجلس اختلافاتی بین علما و روشن فکران به وجود آمد. روحانیان که خواهان اسلامی بودن و شرعی بودن قوانین بودند با خواسته های روشن فکران غرب زده و فراماسون ها که خواستار قانونی همسان کشورهای غربی بودند، به مخالفت برخاستند. اکثر مجلس در دست روشن فکران وابسته و فراماسون ها بود، به طوری که از شانزده نماینده تهران سیزده نفر فراماسون بودند.
شیخ با وجود اعتراض قبلی به همراه بهبهانی و طباطبایی در جلسات مجلس شرکت کرد تا شاید بتواند جلو تصویب قوانین غیر اسلامی را بگیرد. ولی فراماسون ها عنوان نظام را مشروطه قرار دادند.
شیخ فضل اللّه نوری وقتی این وضع را دید، تصمیم به مقاومت گرفت و برای اصلاح وضع، اصل نظارت فقها بر قوانین مجلس را پیشنهاد کرد. این پیشنهاد با مخالفت روبه رو شد و او به نشان اعتراض مجلس را ترک کرد و از آن هنگام سیل تهمت ها علیه او جاری شد.
