در اغلب موارد ، واژینیت باکتریایی عارضه ای به جا نمی گذارد.خطرات اثبات شده ای در رابطه با واژینیت باکتریایی و ایجاد بیماریهای التهابی لگن(PID) وجود دارد.PID یک بیماری جدی در زنان است که می تواند موجب نازایی و حاملگی خارج از رحم (Ectopic)شود.
واژینیت باکتریایی همچنین می تواند ایجاد مسائل دیگری مانند زایمان زودرس، و بچه های با وزن تولد کم کند. بنابراین بعضی از متخصصان زنان توصیه می کنند که تمام زنان حامله ،چه نشانه داشته باشند یا نداشته باشند، و قبلأ بچه نارس به دنیا آورده اند برای واژینیت باکتریایی چک شوند. زن حامله ای که قبلأ بچه نارس به دنیا نیاورده است باید درمان شود ،اگر نشانه و دلایل آزمایشگاهی مبنی بر واژینیت باکتریایی دارد.
واژینیت باکتریایی همچنین همراه با افزایش شانس گرفتن سوزاک یا عفونت اچ آی وی HIV است که موجب ایدز می شود.
تحقیقات نشان دهنده یک ارتباط بین تریکومناسیس و دو عارضه جدی است. تحقیقات علمی بیانگر این نکته است که تریکوموناسیس همراه با حداقل ۳ تا ۵ برابر افزایش خطر انتقال HIV و ممکن است یک زن بچه های کم وزن زایمان کند و یا نوزادان نارس باشند . دانشمندان احتیاج به انجام تحقیقات بیشتری برای مشاهده این ارتباطات دارند.